Internet Explorer 6でMTの管理画面を閲覧した際、画面上部のメニューバー（「新規作成」「一覧」などが並んでいる部分）にマウスオーバーすると、画面上のselect要素（プルダウンメニュー）が全て消えることに気付きました。
これは、select要素が「Windowed Elements」として扱われるため、常に「Windowless Elements」よりも上部に描画される、つまりプルダウンメニューの上にselect要素が重なって表示されてしまうというIE6の仕様に対処するためのようです。
ちなみに、select要素を消すのではなく、select要素の上に表示させたい要素の背後にiframeを入れる対処法もあるようです。